Das oberste Entscheidungsgremium des Fechtsportclubs Jena (FSC Jena) bildet der Vorstand. Die Mitglieder dieses Gremiums werden im Rahmen der jährlichen Mitgliederversammlung von den anwesenden Vereinsmitgliedern demokratisch für eine Amtszeit von drei Jahren gewählt. Nach der Wahl erfolgt eine klare Zuweisung der Aufgaben und Verantwortlichkeiten, um eine effiziente Führung des Vereins sicherzustellen. Der Vorstand ist dabei für die strategische Ausrichtung, die Organisation des Sportbetriebs und die Vertretung des Vereins nach außen verantwortlich.